Sim, ele pode!
Mas à partir do momento em que emite pelo sistema, pode ser que ele precise arcar com outras obrigatoriedades fiscais, como por exemplo a apresentação de livro caixa, ter Inscrição Estadual.
Portanto, antes de tudo ele precisará verificar isso com a contabilidade. Mas, no que tange o sistema, o mesmo está preparado para atender ao MEI em NF-e e NFS-e.
Caso ainda possua alguma duvida, não deixe de entrar em contato com nosso suporte técnico.
É sempre um prazer ajuda-los!