Para realizar a retenção do ISS, basta realizar o seguinte procedimento:
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Acesse o menu Gerenciar Serviços, selecione o serviço desejado, em seguida clique sob a opção alterar na parte superior da tela.

Acessado o serviço desejado, vá até a aba Dados para NFS-e, e no campo % ISS Retido, informe a % de ISS de retenção para o serviço em questão. Feito isto, clique em Salvar e fechar.

Após isto, acesse a nota que desejas utilizar o serviço, clique sob calcular totais, depois sobre a opção Sim em ISS Retido. 

Logo após, basta clicar em Salvar e pronto! Assim o ISS será retido, e seu valor descontado no valor líquido da NFS-e.

Caso não tenha mais nenhuma alteração para ser realizada, basta enviar a nota.
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