Para mesclar os boletos desejados, basta acessar o menu Opções Financeiras - Boletos Emitidos.

Após acessar, selecione Mais Ações - Mesclar Boletos.

Indique as informações dos boletos que deseja que sejam mesclados, como Cliente, Forma de pagamento e Data de Vencimento. Os outros campos são opcionais.

Após indicar, selecione Mesclar Boletos. 

Após realizar esse procedimento o novo boleto com o valor dos boletos mesclados será criado. Ele terá a identificação que é um boleto mesclado.

Quando esse novo boleto for exportado para registro para enviar ao banco, também vai constar uma opção marcada na coluna exportado, para o controle dos boletos que tiveram a remessa gerada e para não ter o risco de registrar o boleto novamente.