Notas em contingência são notas que, por algum motivo, não puderam ser aprovadas no momento da venda. Elas funcionam como uma promessa de nota em que você poderá entregá-la para um cliente, possuindo valor fiscal da mesma forma que uma nota emitida de forma normal. 

A diferença da nota em contingência para a nota normal é que ela não é aprovada imediatamente. Ela irá subir para o sistema online (ERP) e ficará aguardando o envio para aprovação, que deve ser feito em 24 horas após a emissão.
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Existem diversos fatores que pode causar emissão em contingência, dentre os principais motivos estão:

Caso todas as suas notas estejam saindo em contingência será necessário entrar em contato¹ com o suporte técnico e informar o problema para que seja verificado a causa das contingências.
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Ao acessar o Menu > Emitir NFC-e e verificar as notas você deve perceber que existem duas notas iguais: a que foi emitida em contingência e uma nota duplicada.

Isto ocorre por que no ato da venda o PDV cria uma nota normal para aprová-la. Caso ocorra alguma falha o PDV irá criar uma nova nota, agora em contingência. Pelo fato do PDV sempre tentar criar a nota normal antes da de contingência, sempre haverá duas notas no sistema online: a primeira nota que deverá ser inutilizada e a nota em contingência que deverá ser aprovada.

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Quando ocorre algum problema com emissão de uma nota pelo PDV, o sistema irá criar alertas informando que existem notas em estado crítico. Para visualizá-las você deverá ir em Menu > Emitir NFC-e > Mais Ações > Notas em Estado Crítico:

Na janela que será aberta será listado todas as notas que estão em estado crítico e o que deve ser feito com elas. As notas que estão em contingência sempre devem ser aprovadas, as duplicadas sempre ser inutilizadas. Em alguns casos ocorre de uma nota ser aprovada erroneamente e por este motivo ela deve ser cancelada.

Para aprovar a nota que está em contingência basta você selecioná-la e clicar em enviar. Caso ocorra algum problema a nota será rejeitada e você deverá verificar o motivo na aba histórico, ao abrir a nota. Se não conseguir resolver o motivo da rejeição basta entrar em contato¹ com o suporte técnico. 

Para as notas que devem ser inutilizadas você deverá dar um duplo clique para abri-la, clicar em Mais Ações e depois clicar em Inutilizar. 

Para as notas que devem ser canceladas você deverá abrir a nota, clicar em mais ações e depois solicitar o cancelamento. Note que as NFC-e’s só podem ser canceladas até 30 minutos após a sua emissão:

Caso o prazo de cancelamento tenha se esgotado será necessário emitir uma NF-e de devolução e entrar em contato com o suporte técnico solicitando a remoção do estado crítico. Só será removido o estado crítico de notas que pedem o cancelamento se e somente se a nota fiscal de devolução tiver sido emitida corretamente. 

Para saber como emitir uma nota fiscal de devolução para uma NFC-e basta acessar o seguinte artigo:

Como realizar uma devolução de NFC-e
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Durante o envio de uma nota pode ocorrer da resposta de autorização não ser retornada pela sefaz dentro do tempo esperado. Neste caso o PDV irá dar a opção de gerar a nota em contingência.

Quando a nota é gerada em contingência, especificamente neste caso, o sistema irá enviar as duas notas para o ERP e solicita a inutilização da primeira que foi enviada e não foi autorizada. Esta nota que não havia recebido o retorno pode ter ficado pendente na fila de processamento no servidor da sefaz e ser autorizada posteriormente. Por este motivo pode ocorrer dela ser aprovada e você não conseguir inutilizar. Neste caso, basta seguir o procedimento de cancelamento de nota em estado crítico.

¹ O horário de funcionamento do suporte técnico é de Segunda a Sexta de 09:00 às 18:00, exceto em feriados nacionais.