Com a Nota Técnica 2018.004, foi criada a forma de Cancelamento por Substituição para NFC-e. Essa opção pode ser utilizada apenas quando existir uma NFC-e em duplicidade, que tenha sido emitida e autorizada em contingência. 

A autorização da NFC-e não pode ser superior a 7 dias.

Quando uma NFC-e é aprovada em contingência pelo PDV, devido algum problema ou indisponibilidade, duas vias são geradas, com base no exemplo da imagem abaixo. 

Assim, é preciso aprovar uma via (via em contingência) e inutilizar a segunda via. Porém, pode ocorrer das duas vias serem aprovadas pela Sefaz. Quando acontecer, o contribuinte deverá cancelar a via anterior (que deveria ter sido inutilizada), informando que uma nova emissão foi feita.

Para realizar o cancelamento, no menu Emitir NFC-e selecione a primeira via da NFC-e (sem ser a marcada como contingência) e depois Mais Ações - Cancelar.

Em Cancelamento por substituição marque Sim. Indique a chave de acesso da NFC-e emitida em contingência (segunda via, diferente da chave da NFC-e que está sendo cancelada) e a Justificativa do cancelamento. Feito isso, selecione Confirmar.